Các bằng chứng sớm nhất về sự hiện diện của con người tại lãnh thổ Peru có niên đại khoảng 9.000 năm TCN.[21] Xã hội phức tạp cổ nhất được biết đến tại Peru là văn minh Norte Chico, nền văn minh này hưng thịnh dọc theo bờ biển Thái Bình Dương trong khoảng từ 3.000 đến 1.800 TCN.[22] Theo sau những phát triển ban đầu này là các nền văn hóa khảo cổ học như Cupisnique, Chavin, Paracas, Mochica, Nazca, Wari, và Chimú. Vào thế kỷ XV, người Inca nổi lên thành một quốc gia hùng mạnh, tạo thành đế quốc lớn nhất châu Mỹ thời kỳ tiền Colombo, Đế quốc Inca tồn tại gần một thế kỷ.[23] Các xã hội Andes dựa vào nông nghiệp, sử dụng các kỹ thuật như thủy lợi và ruộng bậc thang; chăn nuôi lạc đà và ngư nghiệp cũng là hoạt động quan trọng. Tổ chức xã hội dựa trên sự hỗ thù và tái phân phối do các xã hội này không có khái niệm về thị trường hay tiền tệ.[24]

Vào tháng 12 năm 1532, một toán conquistador dưới quyền chỉ huy của Francisco Pizarro đánh bại và bắt giữ Hoàng đế Inca Atahualpa. Mười năm sau, Vương quốc Tây Ban Nha thiết lập Phó vương quốc Peru để quản lý hầu hết các thuộc địa tại Nam Mỹ của họ.[25] Phó vương Francisco de Toledo tái tổ chức quốc gia trong thập niên 1570, hoạt động kinh tế chính là khai mỏ bạc và nguồn lao động chính là những lao động cưỡng bức người da đỏ.[26]

Các thoi bạc của Peru cung cấp thu nhập cho Vương quốc Tây Ban Nha và thúc đẩy một mạng lưới mậu dịch phức tạp trải rộng đến tận châu Âu và Philippines.[27] Tuy nhiên, vào thế kỷ XVIII, sản lượng bạc suy giảm và kinh tế đa dạng hóa khiến cho thu nhập của vương thất Tây Ban Nha giảm mạnh.[28] Nhằm phản ứng, triều đình ban hành các cải cách Bourbon, với một loạt các chiếu chỉ nhằm tăng thuế và phân chia Phó vương quốc.[29] Các luật mới kích động các cuộc nổi dậy như của Túpac Amaru II, song tất cả đều bị đàn áp.[30]

Vào đầu thế kỷ XIX, trong khi hầu hết Nam Mỹ bị cuốn vào các cuộc chiến giành độc lập, thì Peru vẫn là một thành trì của những người bảo hoàng. Do giới tinh hoa dao động giữa giải phóng và trung thành với chế độ quân chủ Tây Ban Nha, Peru chỉ giành được độc lập sau khi bị chiếm đóng do chiến dịch quân sự của José de San Martín và Simón Bolívar.[31] Trong những năm đầu cộng hòa, đấu tranh cục bộ nhằm giành quyền lực giữa các lãnh đạo quân sự khiến cho chính trị bất ổn định.[32]

Đặc tính dân tộc Peru được rèn luyện trong giai đoạn này, khi mà các kế hoạch của Simón Bolívar nhằm thành lập một Liên minh Mỹ Latinh gặp khó khăn và một liên minh với Bolivia sớm tàn.[33] Từ thập niên 1840 đến thập niên 1860, Peru trải qua một giai đoạn ổn định trong nhiệm kỳ tổng thống của Ramón Castilla nhờ thu nhập quốc gia tăng lên từ xuất khẩu phân chim.[34] Tuy nhiên, đến thập niên 1870, tài nguyên này bị cạn kiệt, quốc gia lâm vào tình trạng nợ nần nghiêm trọng, và đấu tranh chính trị lại nổi lên.[35]

Peru chiến bại trước Chile trong Chiến tranh Thái Bình Dương 1879–1883, phải nhượng hai tỉnh Arica và Tarapacá theo các hiệp ước Ancón và Lima. Tiếp sau đấu tranh nội bộ hậu chiến là một giai đoạn ổn định dưới sự lãnh đạo của Đảng Bình dân, giai đoạn này kéo dài đến khi bắt đầu chế độ độc tài của Augusto B. Leguía.[36] Đại khủng hoảng khiến Leguía bị hạ bệ, hồi phục rối loạn chính trị, và Đảng Nhân dân Cách mạng châu Mỹ (APRA) nổi lên.[37] Trong ba thập niên sau đó, chính trị Peru có đặc điểm là tình trạng kình địch giữa tổ chức này và một liên minh của giới tinh hoa và quân sự.[38]

Năm 1968, Lực lượng vũ trang Peru dưới sự chỉ huy của Tướng General Juan Velasco Alvarado tiến hành đảo chính chống Tổng thống Fernando Belaunde. Chế độ mới cam kết cải cách triệt để nhằm thúc đẩy phát triển, song không nhận được ủng hộ rộng rãi.[39] Năm 1975, Tướng Francisco Morales Bermúdez thay thế Velasco, làm tệ liệt các cải cách, và giám thị việc tái lập chế độ dân chủ.[40] Trong thập niên 1980, Peru phải đối mặt với nợ nước ngoài lớn, lạm phát ngày càng tăng, buôn bán ma túy nổi lên, và bạo lực chính trị quy mô lớn.[41] Trong nhiệm kỳ tổng thống của Alberto Fujimori (1990–2000), quốc gia bắt đầu phục hồi; tuy nhiên, các cáo buộc độc đoán, tham nhũng, và vi phạm nhân quyền buộc Fujimori phải từ nhiệm sau cuộc bầu cử năm 2000 gây tranh cãi.[42] Từ khi chế độ của Fujimori kết thúc, Peru cố gắng chống tham nhũng trong khi duy trì tăng trưởng kinh tế.[43]